黃素酶或黃素蛋白的種類很多如琥珀酸脫氫酶、脂酰CoA脫氫酶等，其輔基只有兩種：FAD（黃素腺嘌呤二核苷酸）、FMN（黃素單核苷酸）。兩者均含核黃素（維生素B2）。FAD、FMN中的異咯嗪部分可進行可逆的加氫和脫氫反應，故也是遞氫體，每次可接受兩個氫原子即FADH2。
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