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限制酶

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限制酶(Restriction Enzymes)全稱(chēng)限制性核酸內(nèi)切酶(restriction endonuclease):一種在特殊核甘酸序列處水解雙鏈DNA的內(nèi)切酶。Ⅰ型限制性?xún)?nèi)切酶既能催化宿主DNA的甲基化,又催化非甲基化的DNA的水解;而Ⅱ型限制性?xún)?nèi)切酶只催化非甲基化的DNA的水解。

細(xì)菌反擊

細(xì)菌容易被噬菌體感染,如已經(jīng)在每月推薦分子中看到的phix174噬菌體。許多細(xì)菌用切割外來(lái)DNA的方法進(jìn)行自我保護(hù),如切割感染性噬菌體的DNA。這些細(xì)菌產(chǎn)生一種能切割DNA的核酸內(nèi)切酶,一旦發(fā)現(xiàn)外來(lái)DNA便將其切割,因此它們有效地限制了噬菌體對(duì)細(xì)菌的感染,故這種核酸內(nèi)切酶被稱(chēng)為限制酶。

分子剪刀

每種限制酶特異識(shí)別專(zhuān)一DNA序列,并在切割位點(diǎn)將其準(zhǔn)確切割。例如,EcoR1切割GAATTC序列,切割位點(diǎn)在G與A之間。細(xì)菌將自身的DNA甲基化修飾,防止了被自身核酸內(nèi)切酶降解。這些甲基化基團(tuán)被裝到DNA大溝的腺嘌呤胞嘧啶上(依細(xì)菌種類(lèi)而定),使限制酶不能與DNA序列結(jié)合,但又不影響這些DNA序列上遺傳信息的正常識(shí)別與表達(dá)。噬菌體DNA沒(méi)有這些保護(hù)性的甲基化基團(tuán),所以會(huì)被降解。每種細(xì)菌都有一種或幾種用來(lái)切割特異DNA序列的限制酶,還有與限制酶配對(duì)的甲基轉(zhuǎn)移酶,用來(lái)防止限制酶降解細(xì)菌基因中的相應(yīng)序列。

目錄

限制酶的分布

限制性核酸內(nèi)切酶分布極廣,幾乎在所有細(xì)菌的屬、種中都發(fā)現(xiàn)至少一種限制性?xún)?nèi)切酶,多者在一屬中就有幾十種,例如在嗜血桿菌屬中(Haemophilus)現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)的就有22種。有的菌株含酶量極低,很難分離定性;然而在有的菌株中,酶含量極高.如E. coli的pMB4(EcoRI酶)和H. aegyptius(Hal III酶)就是高產(chǎn)酶菌株。據(jù)報(bào)道從10g的H. aegyptius的細(xì)胞中,能分離提純出可消化l0gλ噬茵體DNA的酶量。到目前為止,細(xì)菌是限制性?xún)?nèi)切酶,尤其是特異性非常強(qiáng)的I類(lèi)限制性?xún)?nèi)切酶的主要來(lái)源。  

 限制性?xún)?nèi)切酶的分類(lèi)和性質(zhì)

根據(jù)酶的功能特性、大小及反應(yīng)時(shí)所需的輔助因子,限制性?xún)?nèi)切酶可分為兩大類(lèi),即I類(lèi)酶和II酶。最早從大腸桿菌中發(fā)現(xiàn)的EcoK、EcoB就屬于I類(lèi)酶。其分子量較大;反應(yīng)過(guò)程中除需Mg2+外,還需要S-腺苷-L甲硫氨酸、ATP;在DNA分子上沒(méi)有特異性的酶解片斷,這是I、II類(lèi)酶之間最明顯的差異。因此,I類(lèi)酶作為DNA的分析工具價(jià)值不大。II類(lèi)酶有EcoR I、BamH I、Hind II、Hind III等。其分子量小于105道爾頓;反應(yīng)只需Mg2+;最重要的是在所識(shí)別的特定堿基順序上有特異性的切點(diǎn),因而DNA分子經(jīng)過(guò)II類(lèi)酶作用后,可產(chǎn)生特異性的酶解片斷,這些片斷可用凝膠電泳法進(jìn)行分離、鑒別。

限制性?xún)?nèi)切酶識(shí)別DNA序列中的回文序列。有些酶的切割位點(diǎn)在回文的一側(cè)(如EcoR I、BamH I、Hind等),因而可形成粘性末端,另一些II類(lèi)酶如Alu I、BsuR I、Bal I、Hal III、HPa I、Sma I等,切割位點(diǎn)在回文序列中間,形成平整末端。Alu I的切割位點(diǎn)如下:

5'-A G^C T-3'

3'-T C^G A-5'

在已發(fā)現(xiàn)的限制性?xún)?nèi)切酶中,近百種酶的識(shí)別順序已被測(cè)定。有很多來(lái)源不同的酶有相同的堿基識(shí)別順序,這種酶稱(chēng)為“異源同功酶”(isochizomer,同切限制內(nèi)切酶;同裂酶)。應(yīng)該注意的是,這些酶雖然有相同的識(shí)別順序,但它們的切點(diǎn)并不完全一樣。例如Xma I和Sma I都識(shí)別六核苷酸CCCGGG,但Xma I的切點(diǎn)在cCCGGG,而Ema I的切點(diǎn)則在CCCGgGG,前者切割DNA分子,形成帶有CCGG粘性末端的DNA片段,而后者并不形成粘性末端。當(dāng)然,也有識(shí)別順序和切點(diǎn)都相同的酶,如Hap II、Hpa II、Mno I,都在識(shí)別順序CCGG內(nèi)有一相同的切點(diǎn),Hal III和BsuR I同樣在識(shí)別順序GGCC內(nèi)有一相同的切點(diǎn)。  

用途

用于DNA基因組物理圖譜的組建;基因的定位和基因分離;DNA分子堿基序列分析;比較相關(guān)的DNA分子和遺傳工程。  

命名

限制酶的命名是根據(jù)細(xì)菌種類(lèi)而定,以EcoRI為例:

E Escherichia (屬)
co coli (種)
R RY13 (品系)
I 首先發(fā)現(xiàn) 在此類(lèi)細(xì)菌中發(fā)現(xiàn)的順序

  

類(lèi)型

根據(jù)限制酶的結(jié)構(gòu),輔因子的需求切位與作用方式,可將限制酶分為三種類(lèi)型,分別是第一型(Type I)、第二型(Type II)及第三型(Type III)。  

第一型限制酶

同時(shí)具有修飾(modification)及認(rèn)知切割(restriction)的作用;另有認(rèn)知(recognize)DNA上特定堿基序列的能力,通常其切割位(cleavage site)距離認(rèn)知位(recognition site)可達(dá)數(shù)千個(gè)堿基之遠(yuǎn)。例如:EcoB、EcoK。  

第二型限制酶

只具有認(rèn)知切割的作用,修飾作用由其他酵素進(jìn)行。所認(rèn)知的位置多為短的回文序列(palindrome sequence);所剪切的堿基序列通常即為所認(rèn)知的序列。是遺傳工程上,實(shí)用性較高的限制酶種類(lèi)。例如:EcoRI、HindIII。  

第三型限制酶

與第一型限制酶類(lèi)似,同時(shí)具有修飾及認(rèn)知切割的作用。可認(rèn)知短的不對(duì)稱(chēng)序列,切割位與認(rèn)知序列約距24-26個(gè)堿基對(duì)。例如:EcoPI、HinfIII。

參看

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